论文查重软件中的自定义设置包括但不限于以下几个方面：1.排除引用：用户可以选择是否排除文中的引用部分，避免引用部分干扰查重结果。2.设置相似度阈值：用户可以根据要求自定义相似度的阈值，以满足不同的查重需求。3.排除特定文本：用户可以根据需要排除特定的文本，如排除文中的标题、公式等。4.自定义比对范围：用户可以选择比对的范围，如全文比对、段落比对等。这些自定义设置可以帮助用户更精准地进行论文查重，提高查重效果。

使用论文查重软件时，充分利用自定义设置可以提高查重的效果。首先，通过排除引用部分，可以避免引用内容对查重结果的干扰，保证查重结果的准确性。其次，设置相似度阈值可以根据具体需求进行调整，满足不同的查重要求。此外，排除特定文本和自定义比对范围的功能也为用户提供了更多的个性化选择，使查重更加灵活。因此，了解和熟练使用论文查重软件中的自定义设置，对于提高查重效果具有重要意义。