在论文查重软件中，相似度分析方法主要包括基于词频的分析、基于语义的分析和基于特征的分析。基于词频的分析是通过统计文本中词语的出现频率来比较文本相似度；基于语义的分析则是通过词语的语义信息来判断文本相似度；而基于特征的分析是通过提取文本的特征信息进行比对。这些方法结合使用可以更全面地进行相似度分析。

此外，还有一些先进的相似度分析方法，如基于机器学习的方法和基于深度学习的方法。基于机器学习的方法通过训练模型来判断文本相似度，可以适应不同类型的文本；而基于深度学习的方法则可以更准确地捕捉文本之间的相似关系，但需要大量数据进行训练。综合运用这些方法，可以提高论文查重软件的效率和准确性。